在这种情况下，汤显祖的《牡丹亭》以杰出的戏剧形式和深刻的叛逆内容，向窒息人性的程朱理学、封建道德发出了猛烈的冲击。
《牡丹亭》全名《牡丹亭还魂记》，完成于万历二十六年（1598）秋汤显祖弃官归里之后。全剧共五十五出，写坚壁于深宅大院中的贵族小姐杜丽娘将对爱情的渴望幻化为梦境，与一陌生青年柳梦梅在梦中相会，“由梦生情、由情而病，由病而死，死而复生”，最后终成眷属的故事。它与王实甫的《西厢记》一样反映了人们尤其是青年男女反对封建礼教、追求自由幸福爱情、要求个性解放的心声。但二者反映的角度不同。《西厢记》写已经许配于人的相府小姐崔莺莺冒着身败名裂之险与她所钟情的人张生私定终身，与代表封建家长制及封建礼教的老夫人构成主要矛盾冲突。崔莺莺所爱恋的对象及冲突的对立面都很具体。而《牡丹亭》则是写幽居于深闺中的少女杜丽娘由于年龄成熟而春情萌动、三春美景使其不能自己，终于由情感梦，与梦中书生柳梦梅私会，并因寻梦不着而憔悴至死。杜丽娘所追求的开始只是异性并无具体所指，造成她死的原因也并不是具体的人。即它写的是“自然的正常的人性与伦理化的扭曲的异化的人性的冲突”。因此，《牡丹亭》的主题有着区别于王西厢的更为深邃的时代意义和社会内容：肯定人“情”、人“欲”的正当合理，抨击“存天理、灭人欲”的理学的灭绝人性。
首先《牡丹亭》用幽居于深闺中的杜丽娘春情自主萌发难以排遣写对爱情的追求乃是人的自然本性。杜丽娘年已二八，一直身栖官衙深院，受严格的封建规范教化，三年中没去过一次后花园，白天睡一会儿觉也是违反闺教，有正统的儒师教习儒家经典，但这些都束缚不住她由于年龄成熟而产生的强烈的爱情要求。读《诗经·关睢》，她想到的不是老师陈最良及“先圣先贤”们解释的“后妃之德”，而是唤起了求偶的愿望：“关了的睢鸠，尚然有洲渚之兴，可以人而不如鸟乎？”偶踏后花园，置身于姹紫嫣红的满园春色之中，她立刻由春色易逝联想到红颜难驻，自己处于盛年而无如意之夫：“吾今年已二八，未逢折桂之夫；忽慕春情，怎得蟾宫之客”“吾生于宦族，长
①如：成祖时，仁教皇后亲撰《内训》，“颁赐”臣民；又辑《古今列女传》，由成祖作序，刊行之后，
流布天下。明神宗的郑妃曾为《闺苑图说》一书写序，广为发行。
②仅《明史》上所记录的“节烈妇女”就有三百零八人；而据《明史·列女传》序载；因殉节而死，“著
于实录及都邑志者，不下万人。”
于名门，年已及笄，不得早成佳配，诚为虚度青春，光阴如过隙耳。［泪介］可惜妾身颜色如花，岂料命如一叶乎！”因此，她感到“春色恼人”“春情难遣”“怀人幽怨”心中苦楚无处言，度日如煎：“没乱里春情难遣，蓦地里怀人幽怨。则为我生小婵娟，拣名门一例一例里神仙眷。甚良缘，把青春抛的远。俺的睡情谁见？则索因循腼腆。想幽梦谁边？和春光暗流转。迁延，这衷怀那处言？淹煎，泼残生除问天。”情欲的冲动使她陷入了无边的苦恼，以至达到呼天问地的地步。作者真实生动地描写了杜丽娘微妙的心理动态和情感涌动，意在说明对爱情的渴求乃是人性的自然欲求，是不可抗拒的。
其次，《牡丹亭》以健康美貌的杜丽娘由于情感欲望的不能实现终至痛苦夭亡说明了程朱理学对人精神、肉体的严重摧残，对人性的戕杀。强烈的爱情渴求使杜丽娘产生了幻觉，进入了梦境。她将现实中的情感统统托之于梦中的书生，在梦中与想象中的书生欢会，而得到了片刻情感的满足。但灵境难驻，那只能是现实中不能实现的梦想。醒来之后，情景依旧。为此她感到“睡起无滋味，茶饭怎生咽”，她神情恍惚，面容憔悴。自己也弄不明白“为甚衾儿里，不住的柔肠转”。她渴望着“再见那书生”，再度来到园中“寻梦”，执着地追求梦中曾有过的幸福。可梦境不再，“寻来寻去都不见”“牡丹亭、芍药栏怎生这般凄凉冷落，杳无人迹”，她泪流满面“好不伤心”。她感到梦中欢会是“赚骗”，她“伤心自怜”“情怅然”“泪暗悬”，想以一死来了结这痛苦的人生：“偶然间心似缱，梅树边。这般花花草草由人恋，生生死死随人愿，便酸酸楚楚无人怨。待打并香魂一片，阴雨梅天，守得个梅根相见。”之后，她茶饭不思，春容日消、病体恹恹；最后她自画真容，怀着“月落重生灯再红”的希望，溘然逝去。显而易见，此时杜丽娘所遭受的，主要不是代表“父权”的杜宝的压制，而是封建理学对她精神的禁锢。即《牡丹亭》中与杜丽娘势不两立的直接矛盾对象是将“人欲”之一的爱情视为邪恶的程朱理学。封建理学是杀死杜丽娘的刽子手。汤显祖这一思想是明确的，他在剧中借春香之口说：“《昔氏贤文》把人禁杀！”一针见血地指出理学以理杀人的本质。从这个意义上讲，《牡丹亭》对封建理学之残酷性的揭露比以往任何爱情剧都要深刻。
剧情进展到第二十出“闹殇”，杜丽娘于中秋之夜伤春而死，作者所要表现的上述主题已经明确。如果全剧就此结束，作品无疑就是一部震撼人心的悲剧。但接下去作者借用已有的民间传说——话本《杜丽娘慕色还魂记》中的情节，用浪漫主义手段，让杜丽娘起死回生，与她梦中所遇书生柳梦梅结成百年之好。这种结局固然与中华民族常见的追求团圆的心态有关。但在这个剧本中汤显祖同时又赋予了他所参照借鉴的原有故事所不曾有的细节和深刻思想。事实上，剧本中杜丽娘与其父——封建礼教顽固而忠实的信守者杜宝之间的矛盾在杜丽娘死而复活后才真正展开。十八层地狱的判官尚且通情达理，放“慕色而亡”的杜丽娘重返阳间，而生身之父杜宝却不能容忍女儿以生命为代价换来的幸福，拒不承认柳梦梅为女婿，视女儿的叛逆行为为“花妖狐媚”，而要“奏闻灭除”。这说明，在为礼教所牢笼的社会，一个少女合乎人性的正常心愿，只有在梦中才能实现；她身心所受的桎梏，死后方可解脱。一旦她回到人间，便会重入礼教罗网。梦中比现实美好，阴间比人间更富人情味。所以，在皇帝的金銮殿前，杜丽娘感到“在阎浮殿见了些青面獠牙，也不似今番怕”。这些都说明，在现实的社会规范下人们要实现正常的情感欲望是何等的艰苦卓绝！然而，杜丽娘最终毕竟胜利了——皇帝
圣旨“敕赐团圆”。这种方式虽未能免俗，并显得牵强，但也实在是历史的局限。当稚弱的资本主义萌芽只在强大的封建专制社会中闪现星星之光时，汤显祖不可能看到代替旧社会的新制度，故而也找不到实现真情的正常的、正确的途径，只好借助于具有至高无上权威的皇帝。但我们也要看到，这里的皇帝传旨敕命团圆结局，决非平庸的戏剧家的教化目的和对观众心理的肤浅迎合，而是体现着作者的别一番深意：它以杜丽娘死而复生与梦中情人终成眷属的美好结局来表现“人情”对“天理”的胜利，从而进一步说明人的正常“情”“欲”具有不可抗拒的、任何“天理”都不能禁杀的巨大力量。它表现了作者对自己哲学伦理思想的自信。作者也正是在对杜丽娘叛逆行为和执着态度终获胜利的赞美和讴歌中，进一步流露了他反对封建理学的鲜明的倾向性。