①孔尚任被罢官原因不明，可能是由于《桃花扇》流露了民族意识，这是清政府所忌讳的，但又不好明说，就先升后罢，以琐事撤了孔尚任的职。但这只是些研究者的推测，目前无明确资料可以证实。
《桃花扇》“借离合之情，写兴亡之感”，以复社文人侯方域与青楼歌妓李香君的爱情悲欢为线索，描写了南明弘光王朝从建立到覆亡的全过程，目的在于探究“三百年之基业，隳于何人？败于何事？消于何年？歇于何地？”以“惩创人心，为末世之一救”（引文见《〈桃花扇〉小引》），即它是一出明确地把探究明朝灭亡原因作为最高宗旨的历史剧。
《桃花扇》所写的弘光朝，是李自成农民起义军攻破北京、崇祯自缢煤山后，残存在江南的明朝军政要员拥立福王朱由崧在南京建立的一个小朝廷。
弘光朝建立之初，尚据有富庶的半壁山河，拥有上百万军队。如果彼时君臣上下同仇敌忾，奋发图强，仍是有所作为的，但这个小朝廷仅存一年就土崩瓦解了。何以会如此悲惨？作者认为，主要原因是权奸误国。在义军破京，崇祯自尽，江山无主之时，马士英、阮大铖等奸臣暗喜“幸遇国家多故，正我辈得意之秋”，为争拥立大功拜相封侯而“捷足争先”，迎立了骄奢淫佚的福王朱由崧。那当上了皇帝的朱由崧，只知花天酒地、采选淑女、演舞教歌，在强敌犯境、内患迭起时还为“无有声色之奉”而“日夜踌蹰，饮食俱减”，在“万事无如杯在手，百年几见月当头”的熏风殿荒淫享乐，将朝政一委马、阮等权奸。马、阮等人大权在握，他们无视中原未复、大敌当前、国家残破的现实，卖官鬻爵、结党营私；买妾选优、笙歌宴舞；网罗罪名、公报私仇、陷害忠良。最后竟调黄刘三镇兵马堵截左良玉——因为“宁可叩北兵之马，不可试南贼之刀”，宁肯向外族北兵投降，也不肯向内部反对派屈服让步，终于导致悍然丢下黄河一带，造成“千里空营”，使清兵得以长躯直入。总之，作者形象地再现了马阮等权奸将南明弘光朝推向灭亡的全过程，从而说明了“魏阉余孽”是“隳三百年之帝基”的祸根。
《桃花扇》对南明弘光朝覆亡原因分析得十分深刻。这种深刻表现在作者在激愤地鞭笞权奸误国的同时，也对明代的整个士大夫阶层乃至封建社会的上层建筑进行了检讨和反思。作者敏锐地观察到，在生活方式上，他所同情的复社文人与他所憎恶的马阮之流并没有太大的区别。在国难深重之时，复社文人所负的责任应该说是格外重大的。但他们并没有发扬蹈厉、卧薪尝胆，而是仍然不忘流连声色。候方域“闲居无聊，欲寻一秦淮佳丽”，觅得李香君，遂沉醉于温柔乡中。作者在《逮社》眉批云：“温柔乡容易，沧桑奈何！”《逢舟》一出，侯方域自感没有完成史可法托付的重任，说“无颜再见史公”，作者眉批：“难见史公，且见香君，亦是心事，”贬责之意，寓于其中。当然，复社文人到底不似马阮。他们关心国事，有正义感；但他们在危急时刻所出计谋或不堪实用，或只能纸上谈兵，行动上毫无建树。如侯方域在史可法处所出的主意及后来对高杰劝阻不成、一走了之等。作者以此揭示了在当时“膺誉甚重”、“自视甚高”、饱读诗书的复社文人的不堪重任，从而也兼接触及了培育这样文人士大夫的上层建筑意识形态——宋明儒学文化。
《桃花扇》主题的深刻还体现在，作者在描写弘光朝文争于内、武哄于外的腐烂政治时，清醒地看到文臣武将中“非但小人，君子亦然”的门户之见是南明覆亡的致命因素之一。作者曾在《逮社》出总批说：逆党挟仇、复社罹殃，南朝亡国之政也。将主要批判锋芒指向了马阮。但他对复社文人等正面形象也不是毫无保留的、《逮社》出眉批说：“复社极力标榜东林，故有南朝党人之祸”；《沉江》出更直接借陈定生、吴次尾之口说出了“日日
争门户，今年傍那家”的沉痛之语，都婉曲地表明了他这一看法。如果说，《争位》《和战》二出高杰与黄刘三镇为争夺位次而大打出手，可以看成是纯粹的“武哄于外”的话，那么左、黄二“忠臣”之战则纯粹是门户之争了。马阮阉党余孽拥立弘光，翻起了天启朝的旧案。东林党及受其影响的人认为福王一脉非正统，“三镇既立弘光，便与崇祯为敌”（《拜坛》眉批），左良玉忠于崇祯而讨伐弘光；黄得功尊奉弘光，视左为叛逆，丢下黄河一带起兵堵截，左黄同室相斗，致使“河北人马”“乘虚渡淮”，南明弘光朝直接灭亡在门户之争当中。真是“社稷可更，门户不可破，非但小人，君子亦然，可慨也！”（《拜坛》眉批）。表现了作者见解的深刻。
总之，《桃花扇》的可贵处在于，它在揭示权奸亡国的同时，还以历史的眼光，冷静客观地分析了与权奸对立的“忠良”一派的思想行为，以春秋笔意含蓄地指出了他们在明亡中亦应负有一定咎责。在揭示了明亡教训的同时，也为后来统治者提供了治国的借鉴。这对以往戏剧往往是对正面人物的绝对美化也是一种历史的进步。