海克尔无疑是德国优生论的启发人。在他的《生命奇迹》中他写道：'我们的文明国家人为地养育着成千上万得了不治之症的人，比如神经病者、麻风病人、癌症病人等等，这对这些人本身和对整个社会没有任何好处。'从1905年起海克尔是'优生论社团'的成员。
在海克尔的文章中常常体现出他的德国民族沙文主义。比如在他的《永久》中他写道：'每个教育良好的德国战士……在智慧和道德价值上要比上百个英国、法国、俄国和意大利所能提供的原始的自然人要高。'在《形态学大纲》中他说：'高等人与低等人之间的差别比低等人与高级动物之间的差别要大。'
这些和其它许多海克尔的言论使他在德国思想史上起了一个非常不光彩的作用：他是纳粹主义的铺路人。尤其是海克尔利用他在学术界的权威地位来普及他的政治观点。
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