由于海克尔对进化论的证明不精确，而且他本人将自然科学的认识与宗教对立起来，因此他的理论成为试图驳倒进化论的创造论者的攻击对象。他也受到后来的生物学家如史蒂芬·杰·古尔德的批评。在哲学上他持一元论，认为'世界与上帝是同一的'。在他的《世界疑问》中他写道：
随着每年我们对自然的认识的发展过去的对立不断缩小，因此最基本的世界观问题的解决也越来越近了。我们可以希望在将来的20世纪越来越多这些对立统一起来，越来越多的人接受这个希求的世界观的统一的一元论。
海克尔并非严格的无神论者。他虽然反对创世论，但他出生于一个基督教家庭，他认为世界万物（包括无机的矿物）是有灵魂的。他的唯物主义是一个有灵魂的物质的物质主义。他认为上帝与万能的自然规律是同一的。他使用'细胞记忆'和'晶体灵魂'之类的词语。
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