海克尔生于德国波茨坦。早年在柏林、维尔茨堡和维也纳学医，获柏林大学医学博士学位。曾任耶拿大学动物学教授。是最早绘制动物系谱图的学者之一。大力支持达尔文的进化论，推动了继达尔文之后生物学研究的开展，并通过对胚胎学、形态学与细胞理论的研究使生物学研究的范围不断扩展。提出了'生态学'一词。着有《生物体普通形态学》、《创造的历史》、《人类的进化》、《宇宙之谜》、《放射虫目》。
海克尔本来的职务是医生，后来任比较解剖学的教授。他是最早将心理学看作是生理学的一个分支的人之一。他引入了一些今天在生物学中非常普遍的术语如生态学、门等，他将政治学称为是'应用生物学'。他的一些理论和主张后来被纳粹理论家利用，成为其种族主义和社会达尔文主义的理由。海克尔也是优生学的先驱。
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