孙钟秀主持研制了国产系列计算机DJS200系列的DJS200/XT1和DJS200/XT1P等操作系统。在国内首次研制成功ZCZ分布式微型计算机系统。研究和开发了多个实用的分布式计算机系统，如分布式单板机系统和ZH分布式微型计算机系统，在国内首次应用于农业机械测试数据的实时处理等方面。研制了南京市政府局部网络系统和南京汽车制造厂的企业管理系统。主持研制了多个分布式系统软件，如在分布式程序设计语言方面提出和实现了CSM等3种语言。在分布式操作系统方面，设计和实现了ZCZOS和ZGL等操作系统。
论文着作
主要论文
在《中国科学》《计算机学报》《电子学报》等国内一级刊物上发表的论文主要有：
| 序号 | 人员 | 作品 | 刊物 | 时间 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 孙钟秀 | 进程和进程同步 | 计算机学报 | 1980.5 |
| 2 | 孙钟秀 | 操作系统DJS200/XTIG | 电子学报 | 1981.2 |
| 3 | 孙钟秀 | 一种适合于分布式计算机网络的路径算法 | 电子学报 | 1984.1 |
| 4 | 孙钟秀 | 一个分布式微型计算机系统 | 计算机学报 | 1984.3 |
| 5 | 孙钟秀 | 分布式系统 | 中国科学院技术学部扩大会议文件报告汇编 | 1983 |
| 6 | 薛行，孙钟秀，ZGL | 一个异构型环境的分布式操作系统 | 计算机学报第12期 | 1989.12 |
| 7 | 谢立，孙钟秀 | 智能操作系统KZ1 | 电子学报 | 1990.1 |
| 8 | 薛行，孙钟秀 | 一个解决分布式内核中状态不一致性的方法 | 计算机学报 | 1990.6 |
| 序号 | 人员 | 名称 | 出版社 | 年份 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 孙钟秀 | 《操作系统教程》 | 高等教育出版 | 1989年 |
| 2 | .吴锡军，孙钟秀，王霞林 | 《高科技知识丛书》 | 江苏科学技术出版社 | 1992年 |
| 3 | 孙钟秀 | 《分布式计算机系统》 | 国防工业出版社 | 1987年 |
| 4 | 孙钟秀 | 《操作系统原理》 | 人民邮电出版社 | 1980年 |
| 5 | 孙钟秀 | 《计算机与计划管理》 | 南京大学出版社 | 1987年 |
| 6 | 孙钟秀 | 《计算机程序设计（360系统）》 | 江苏人民出版社 | 1978年 |
| 7 | 谢立、孙钟秀 | 《分布式数据处理》 | 国防工业出版社 |
孙钟秀率先在国内开展计算机操作系统和分布式计算的教学和科研工作，取得了多项具有国际先进水平的研究成果，培养博士生和硕士生50余名，如澳大利亚昆士兰大学计算机系教授周晓方，南京大学教授张德富。