谢林的绝对概念在宗教哲学中就成了上帝的代名词，上帝是唯一真实的存在，具有无限的创造性，自然和精神两方面最后归于具有绝对同一性的上帝。 从上帝的同一性出发，那么人类必然有其天生的自由，谢林认可这一点：自由感在每个人的内心直接打下了烙印。然后他试图调和由这种自由所产生的恶与作为基督教上帝本身的至善之间的矛盾。谢林重建了一种神义论，由于所有的存在都基于上帝，那么上帝本身存在的根据只能在上帝内部，所以上帝就能分为上帝自身和上帝存在的根基，也就是上帝中的自然。这一上帝中的自然的划分重新定义了上帝自身，即上帝自身虽是至善，但它是尚未完成的，尚在形成中的。上帝为了启示其自身的至善，只通过其自身是无法完成的，所以它的启示就必须经过一种中间产物——人。没有人的存在，上帝无法认识其自身的善，而没有上帝，人的存在就没有根基，人和上帝就这样在谢林那里找到了联系。
在谢林看来人对于善和恶的自由只是上帝启示其自身作为至善的手段，而恶和善一样也是自由的产物，所以恶是无法消除的。善和恶本身在原初状态中不存在对立，而是可以互相转化。谢林不同意康德式的以理性自律作为基础的道德律，而是认为人的本性在于领悟上帝的启示。上帝将为恶的自由赋予人类，从而上帝本身才避免成为一种恶，人类这一为恶的自由才使上帝的启示行为有了领地。所以人类在世的目标就是向至善的规划和提升，而实现这一目标，也只能靠人本身既能为善，也能为恶的自由。这一人本身存在的力量使得谢林从神学回到了人类本身的存在，这也使一些人称他为存在主义的先驱，谢林后期的思想在一定程度上也影响了克尔凯郭尔。
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