该寺由明代国师罗桑丹巴曲吉尼玛初建，藏语称“嘉格让雅尔隆图尔钦噶丹贤巴林”。清顺治九年（1652），达赖五世阿旺·罗桑嘉措进京途中曾到过该寺。据传，达赖六世仓央嘉措被蒙古和硕特首领拉藏汗废黜后，在押解送往京师途中曾辗转来过此寺，居住达一年之久。清雍正二年（1724），因青海蒙古和硕特首领罗卜藏丹津反清事件的牵连而毁于兵燹后，于雍正五年（1727）开始重建，至乾隆八年（174s）竣工，前后共用16年时间，称为达布寺，御赐匾额为“格丹勒措哇”（意为宗喀巴的信徒），朝廷还发给250名僧人的供奉，并赐给藏文版大藏经《甘珠尔》和《丹珠尔》。据记载，该寺是达赖六世主持修建的，建成后由他自己亲自任堪布，这一时期的石门寺有僧侣500多人。清同治五年（1866 ）反清起事的河州回民领袖马占鳌进入河西攻占天祝，石门寺又遭到局部破坏。
该寺历史上曾出现过一些学者名人，最有名的为清末民初的华锐热布萨，他学识渊博、精通五明，曾是十三世达赖土登嘉措的副经师，著有佛教哲学著作2部，青海塔尔寺等地有其梵文、藏文手迹收藏。
解放初期该寺有经堂2座，昂欠有堪布、朵什、嘉豆等处，活佛2人，僧人及其他人员共有48人。清乾隆后至解放初，该寺为内蒙古阿拉善巴让克寺属寺。1960年后被陆续拆毁，1981年正式开放，现有僧人及寺院管理人员8人。
原寺内珍藏有很多文物古籍，后来随着寺院拆毁，损失严重。现存寺内的有七世达赖格桑嘉措所赠象牙观音佛像1尊；明洪武年间的光明女神石浮雕像；清代白海螺1个；六世达赖的法衣、帽、法器；华锐热布萨的骨灰塔1座及许多精巧的唐卡、小铜佛像等物。
山东青岛大珠山石门寺
在大珠山主峰大砦顶北侧的一道山涧里有一座古寺，因以两块赫然而立的巨石为门，所以名为石门寺。
石门寺建于金大定五年（1166年）。当年寺庙有大雄宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼、东西两庑等建筑。石门右侧的巨石下有一清泉，水碧如玉，名玉泉，因此，人们又称石门寺为玉泉寺。20世纪40年代中期，石门寺毁于战事。1995年，胶南市人民政府投资重修石门寺大雄宝殿和墓塔林。