一、幼年时期
1910年7月12日，瞿同祖出生于长沙，因与其祖父瞿鸿禨同在庚戌年出生，故命名同祖。祖父瞿鸿禨是晚清重臣，曾任光绪时期的军机大臣。他曾经三次向慈禧保荐康有为，参与筹划预备立宪，并与另一位权臣岑春煊配合，试图扳倒袁世凯而未果。事情虽败，而其影响所及，却是清代末年的政局演变。瞿同祖是其嫡孙，瞿鸿禨亲自教授，为其开蒙。除了让瞿同祖为《论语》断句，还以朱笔写正楷，让年幼的孙子在上面描摹。
瞿同祖的叔父瞿宣颖先后任燕京大学、南开大学、清华大学教授，著有《汉魏六朝赋选》《中国社会史料从钞》等。他指点瞿同祖古文，给他讲汉赋，还教他历史。
幼承庭训，瞿同祖的文史知识远远超过了同龄人，他还在中学时便自学了《尚书》，而《尚书》之难，居五经之首，连韩愈都认为它十分难懂，称其为“佶屈聱牙”。
二、学生时代
1930年，瞿同祖以优异的成绩被保送至燕京大学，主修社会学。吴文藻时任社会学系主任，瞿同祖与同门费孝通、林耀华、黄迪等皆生于狗年，四人被冰心戏称为“吴门四犬”，都是社会学牛人。1934年入燕大研究院，在吴文藻教授和杨开道教授的指导下，攻读社会史研究生。
1936年，瞿同祖硕士毕业，又因成绩优异而获得金钥匙奖，其硕士论文《中国封建社会》翌年由商务印书馆出版。清华大学图书馆至今存有瞿同祖1937年的亲笔赠书，上书“西南联合大学惠存，著者敬赠。”该书由陶希圣和杨开道为之做推荐序，很快成为了国内若干大学的指定参考书。罗隆基后来告诉瞿同祖，他在西南联大兼课时即以此书为主要参考书，并说若无此书，他便无法开课了。但瞿同祖本人并不苟同，他认为20多岁写不出好书。他在燕京大学的最大收获是赵曾玖，1932年，赵曾玖从培华女中考入燕京大学国文系，同年8月，两人共结连理。
三、学术生涯
1936年毕业于燕京大学社会系。不久，抗战爆发，瞿同祖南下避乱，并应吴文藻和费孝通邀请，到云南大学任教，兼任西南联合大学讲师。1939年，瞿同祖到昆明云南大学执教，并兼任西南联大的教师，历任讲师、副教授、教授。期间，他撰写了一生最重要的著作《中国法律与中国社会》。当时的写作条件极其艰苦，为了躲避空袭，瞿同祖和费孝通等一起住在了云南呈贡县的农民家里，每个礼拜都骑马到火车站，然后坐火车到城里去上课，上完课又坐火车，再骑马回来。
1945年后，任美国哥伦比亚大学、哈佛大学研究员，加拿大不列颠哥伦比亚大学副教授。1965回国。历任湖南文史馆馆员、湖南省政协文史资料研究委员会副主任、中国社会科学院近代史研究所研究员。著有《中国封建社会》、《中国法律与中国社会》、《清代地方政府》、《汉代社会》等。
1947年，《中国法律与中国社会》由商务印书馆出版，1961年以《传统中国的法律与社会》为名，在巴黎和海牙出版英文版，赢得国际声誉，后者被认为是关于中国法律研究最好的西文著作。而当此书还在征订单上时，著名经济学家哈耶克就提前预订了。这位20世纪伟大的思想者，不断追问自己的中国学生林毓生，这本书有无到货，以及他对于该书的意见。
1945年春天，经费孝通联络，应魏特夫的邀请，瞿同祖携赵曾玖及子女抵达美国纽约，先后任哥伦比亚大学中国历史研究室研究员、哈佛大学东亚研究中心研究员。瞿同祖的研究日臻化境，美国《亚洲研究学报》赞扬他的新作《清代地方政府》，认为其“为我们提供了迄今为止最为完整的关于中国地方行政运作的图解。”
1944年应德裔美籍社会史学家魏特夫邀请，入哥伦比亚大学中国历史研究室任研究员。1947年商务印书馆出版《中国法律与中国社会》。1955年，应费正清之邀前往哈佛大学任研究员，在东亚研究中心继续从事中国史的研究，并与中心成员杨联升教授和哈佛法学院梅伦(Arthur von Mehren)教授共同开设“中国法律”一课。1961年英文版《传统中国的法律与社会》（瞿同祖先生在哥伦比亚大学用业馀时间将此书译成英文，并利用哥大图书馆丰富的馆藏，弥补了最初在昆明写作此书时由於缺少《宋刑统》这份材料而造成的遗憾，写成了英文版的《传统中国的法律与社会》），由巴黎和海牙穆东书店出版。1962年英文著作《清代地方政府》，由哈佛大学出版社出版。1962年瞿先生应朋友威廉·荷兰的邀请，到加拿大不列颠哥伦比亚大学，担任亚洲系副教授，讲授中国通史。
四、归国之后
瞿同祖先生1965年辞职回国。因文革，先在北京后回湖南，等候安排。1972年，英文著作《汉代社会》由华盛顿大学出版社出版。1976年，被借调（1978年正式调入）中国社会科学院近代史研究所工作。1976年与夫人赵曾玖应约合译的《艾登回忆录》，由商务印书馆出版。後编译的《史迪威资料》一书，1978年由中华书局出版。1976年，时任中国社科院近代史所副所长的李新，听说了瞿同祖的际遇，将瞿同祖借调到了近代史研究所，且于1978年，为之正式办理了调动手续。此时，瞿同祖已年近七十，方回归到学术圈内。他始终记得燕京大学师友的鼓励，再写一本好书。为此，他每天坚持坐公共汽车，去王府井和美术馆之间的中国科学院图书馆查数据，但渐渐感到力不从心。1981年后，瞿同祖的胃病多次复发，数次住院，没有治愈。直到他在协和医院碰到张孝骞，解放前张孝骞就曾经给瞿同祖看过病，张孝骞一针见血，你的病是由于想写书而写不成书引起的。瞿同祖从此彻底放弃了写书，结果10多年病都没有复发。
此后，瞿同祖再无著述。瞿同祖是中国第一批获得博士生导师资格的学者，但是他从来没有招过学生。瞿同祖的儿子瞿泽祁向记者表示，父亲的年纪大了，精力不济，如果他要收学生，倘若不能够亲自教授指点，他是宁肯不做这件事的。瞿同祖淡出了人们的视线，过着隐士般的生活，仍然听古典音乐，每天都要喝一杯咖啡。
1981年，中华书局重印了《中国法律与中国社会》一书，瞿同祖及其著作，开始逐渐引起了中国大陆研究者的注意。但他成为一个无法被界定学术领域的人物，他以社会学出身，在法学界闻名，研究汉代与清代社会，最终又在近代史所落足。其跨越不同领域的博学，反而成了分工日细的学术界的“边际人”，这妨碍了他成为单个学科的“大师”。
2006年，瞿同祖获得中国社会科学院荣誉学部委员称号。但社会学系教授林端认为，大可以去掉“荣誉”二字，因为从某种程度看，瞿同祖在某些著述上的贡献，并不逊于其鼎鼎大名的同门。
2008年10月3日，著名历史学家、中国社会科学院近代史所研究员瞿同祖因病在北京逝世，享年98岁。
五、评价
瞿同祖先生的学术成就斐然，堪称国际一流的学者，其极富原创性的法律社会史研究庶几可与韦伯的法律社会学研究东西辉映，其中国法律社会史的研究方法和研究成果堪称独步学林，足可垂范後世。
美国社会经济史学家魏特夫，以研究中国水利工程的文化意义著称，同时兼任“中国史研究计划”的总监，他认为，瞿同祖的工作已经将中国社会和历史的研究提高到了新的水平。魏特夫表示：“瞿教授在与他早些时候返回中国大陆的妻儿会合之前，完成了他的工作。一本书有一本书的命运，在这个计划里面，世界大战和中国的发展都留下了印记。”
“瞿同祖不能够算是同代知识分子的典型代表，他的出身就决定了他的不具代表性。使得他有能力不求名利、努力工作，永远不会因为受到一点挫折而走向偏激。”中国社会科学院近代史研究所学者赵利栋向记者描述。
瞿同祖与费孝通竟然都是1910年出生，费出生一个家道中衰的地主家庭，而瞿则是晚清军机大臣瞿鸿禨之孙，家学更为渊源。两人都是早年成名，中年遭遇变故，不同的是费孝通晚年苦尽甘来，名利双收；而瞿同祖则是逐渐沉寂。今天，费孝通与瞿同祖两位老人的《江村经济》、《生育制度》和《中国封建社会》、《中国法律与中国社会》依然位列书架，被无数学人参考瞻仰，可能这是对老人们最好的告慰吧。两人的开始如此相同，而结局如此不同，是性格决定命运，还是造化作弄人？
瞿同祖仍然保有海外声名。老朋友们仍然记得他。1999年，孔飞力的《叫魂：1768年中国妖术大恐慌》中译本出版，即赠送给瞿同祖。孔飞力是美国及西方中国史研究中人们公认的一位大家，1977年费正清从哈佛大学荣退后，孔飞力接任了他的职务。而上个世纪80年代，瞿同祖曾经到香港大学讲学，用英语为该校师生作了一次关于“清代司法”的演讲，引发了轰动，香港媒体连续追踪报导。
“他隐姓埋名太久了。”台湾大学社会系教授林端告诉《中国新闻周刊》。上个世纪50年代，台湾已经开始翻印瞿同祖的书。林端上个世纪70年代在台湾大学就读，学校附近，到处都可以买得到盗版的《中国法律与中国社会》。林端几乎无法想象，自己居然还有机会拜访这位前辈。
1999年林端初访大陆，偶然得知瞿同祖仍然健在的消息，立即登门拜访。2005年，他曾经在台湾东海大学举办讲座，以《瞿同祖与戴炎辉的法史学：知识社会学的考察》为题，而这恰恰曾经是瞿同祖当年拒绝的教职。林端“揣测”了瞿同祖后半生辍笔的心境，“所有的学者学术生命到一个高峰以后，都会有一个自我内在的压力，比较普通的东西，他可能自己也不满意。”
生命的光亮阶段已然走过，瞿同祖与世无争，缄默到底。林端认为，瞿同祖回到大陆，其后半生清淡无为，反而成就了他的人格典型，既然被大环境左右，没有办法随心所欲，便做一个隐逸之士，回到他自己的生命世界里去。林端钦佩这样的“狷者”，因为无论入世还是退隐，进出之际，都需要强大的自我克制和自我信心。而他认为，这种自信，源于真正的学贯中西，是传统中国与西方现代性的天作之合。
2007年3月起，中国社科院近代史所学者赵利栋对瞿同祖进行了数次访谈，而在多次交流中，赵利栋从未主动涉及瞿同祖归国后的话题。一个传统的知识分子，爱国而报国无门，不问名利，但求努力工作而未果，他不愿触及这份时代造成的隐痛与焦虑。而瞿同祖亦从未向外人公开过自己的想法。当他预感到赵利栋将是最后一个采访他的人，以后可能再也没有机会讲话，一次，凌晨5点，他拨通了赵利栋家的电话，详尽解释了自己当年写《中国法律与中国社会》的经历；还有一次，瞿同祖委托儿子瞿泽祁，告诉赵利栋自己半生蛰伏的缘由，瞿同祖表示：“过去说回国后没能写出书，是自己的疏懒，那是谦虚，实际上，各方面的条件都不允许。”