北仑河口自然保护区位于广西壮族自治区防城港市防城区和东兴市境内，总面积3000公顷。保护区于1985年经原防城县人民政府批准建立，1990年晋升为自治区级，是一个以红树林生态系统为主要保护对象的自然保护区。
本区地处防城港市的西南沿海地带，保护区海岸线全长87公里，拥有河口海岸、开阔海岸和海域海岸等地貌类型，属南亚热带海洋性季风气候区。区内分布有面积较大、连片生长的红树林，红树林植物有10科13种，形成12种红树林群落，其中连片木榄纯林和大面积老鼠勒纯林群落为国内罕见。本区的滩涂和沿海渔业资源丰富，鱼类有27种，大型底栖动物有84种。由于保护区位于亚洲东部沿海和中西伯利亚枣中国中部两鸟类迁徙线的交汇区，为候鸟的重要繁殖地和迁徙停歇地，已观察到的鸟类有128种，其中有13种鸟类被列为国家二级保护动物。另一方面，北仑河位于保护区西端，是我国和越南的界河，历史上因不合理的开发利用使本区的原生红树林损失66%左右，导致北仑河主航道偏移和我国国土的流失。因此，保护区的建立不仅在保护生物多样性方面具有重要意义，而且对防目国土流失、保护领土和领海权益也具有非常重要的战略意义
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