阿尔金山国家级自然保护区因边远偏僻、高寒缺氧，使得保护区内保留了我国特有和珍稀得野生动物。由于保护区独特的地理环境和丰富的自然资源，IUCN（世界自然与自然资源保护联盟）、WWF（世界野生生物基金会）联合考察后在报告序言中称，这里事故“世界上少有的生物地理省之一，是不可多得的高原物种基因库”。保护区在1983年建立的当年，即被收录到《大英百科全书》名录中。并被我国列入《中国生物多样性保护行动计划》优先保护名录。
保护区内野生动物有359种。其中，有碲类30种，鸟类79种，昆虫250种（已发现新种2个）。国家一类保护动物12种、国家二类保护动物17种。
保护区内已发现高原植物267种，分属30科83属，新亚种17种。无乔木，只有半灌树，呈高原矮化特征。
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