学理结构是网络文学学科范式的逻辑框架，它应该包括认识论结构和本体论结构两个相互影响的逻辑层面，前者将构成网络文学理论形态的纵向结构，后者则形成其横向结构。
《网络文学论纲》在廓清和建构网络文学基础理论方面做了一次初步尝试。从学术方法论上看，这部着作主要是从认识论的纵向结构上来厘定网络文学的学理形态的。即从主客认知的二元逻辑出发，以纵向时空的视角解析网络文学的逻辑层面，分别阐释网络文学的生态条件、文化依归、人文精神、学理品格、生长样态、主体视界、创作嬗变、接受范式、功能形式和发展前景等问题，以此构成全书的10章内容。通过对这些基础理论问题的形上分析，为纷纭复杂的网络文学探询一个认识论的阐释框架。这个侧重于知性分析的学理结构，相对于当前较为稀薄的网络文学基础理论研究来说，有它的学术原创性和理论逻辑的合理性，具有填补空缺的学理建构意义。但这个认识论的理论框架仍然是基于传统文论模式的思维预设，尚存在着研究对象的不周延性和阐释目标的非针对性等问题。如对网络文学的媒介载体把握、文本分析、叙事手段、价值模式等问题，还需要更多的理论思维的聚焦。因而，建构网络文学的基础理论离不开横向的本体论逻辑追问。
《网络文学本体论》…正好弥补了这一理论空缺。本体论（Ontology）是关于存在的理论，所探讨的是事物（自然界、社会和人）的本原和本性的存在方式、生成运演及其本质意义的终极存在问题。这部论着运用本体论哲学思维探究网络文学时，借鉴 “回到事物本身”的现象学方法和“存在先于本质”的本体论追问模式，聚焦网络文学“如何存在”又“为何存在”的提问方式，选择从“存在方式”进入“存在本质”的思维路径，从现象学探索其存在方式，从价值论探索其存在本质，即由现象本体探询其价值本体，解答网络文学的存在形态和意义生成问题。该书把它们分别称之为网络文学本体的“显性存在”和“隐性存在”。最后再反思其“何以存在”的问题，以图从理论逻辑的“正题”与“反题”走向“合题”――将网络文学的本体论分析从“形态”与“价值”层面，延伸至艺术可能性层面，思考其本体的审美建构与艺术导向，完成网络之于这种文学的艺术哲学命名，以求探讨构建一种网络文学学理范式的可能性。
本体论的学理结构首先揭示的是网络文学的存在方式，旨在找到其本体存在的显性结构。这一结构大抵包括这样几个相互依存的逻辑层面：（1）媒介赋型；（2）比特叙事；（3）欲望修辞；（4）在线漫游；（5）存在形态等。在这里，媒介赋型是载体，比特语言是文本叙事的工具，间性主体的欲望修辞是网络写作的人本前提，在线性的虚拟真实构成赛博空间的书写内容，而电子化作品的存在范式则完成了从纸笔书写向数字化文本的艺术转换。这些要素间的有机融合与脉理渗透，就构成网络文学最基本的存在方式。网络文学本体论的隐性结构是指它的价值模式，所揭橥的是意义生成问题。网络文学由“文学”存在进入“文学性”的存在，需要从价值论上探索其存在本质。为此，把握网络文学的隐性存在需经由现象学走进阐释学和历史哲学，反思重建精神价值深度的必要与可能。这一隐性的价值结构大抵包括：（1）文学体制转换、（2）民间话语寻根、（3）文学性嬗变、（4）文化逻辑依凭、（5）人文性的意义酿造等问题。
显性结构与隐性结构所形成的从存在方式到存在本质的有序递进、彼此交融，以及这种本体论学理形态与前此描述的认识论学理形态之间的相互映衬又相互补充，这两种理论逻辑一横一纵所构筑的思维构架，庶几可以成为建构网络文学理论的基本学理模式。