诸葛亮去世之初，蜀地“黎庶追思”，“百姓巷祭，戎夷野祀”。 刘禅诏令立庙后，诸葛亮足迹所及之处纷纷立祠纪念，历久愈烈。据地方志记载，明代云南省有武侯祠28座，至清代有34座；清代贵州省有18座，而四川省有40座。仅成都市一地，历史上先后就有过8座武侯祠。诸葛亮少年随叔父辗转流离，辅佐刘备后东和南抚北伐，不仅留下了大量的遗址和遗迹，也逐渐形成了许多带有传说性质的纪念地。
纪念诸葛亮的祠庙一般称作武侯祠。历代遗留下来并列为各级文物保护单位的武侯祠有：
- 隆中武侯祠，在湖北省襄樊市城区西南的隆中山。唐光化三年（900年），昭宗李晔封诸葛亮为武灵王，并御赐庙堂于隆中。明成化年间（1465～1487），全面维修和扩建，形成了包括武侯祠在内的隆中十景。今武侯祠共四重殿堂，最后一重大殿内，塑有诸葛亮和其子诸葛瞻、孙诸葛尚像。1996年，国务院公布古隆中为全国重点文物保护单位。
- 南阳武侯祠，位于河南省南阳市城区西南的卧龙岗上。明嘉靖《南阳府志》“校注”记载，因刘备夷陵之败而流落魏国的原蜀国故将黄权“已在宛”，闻得旧主赍志而殁，率族人在南阳卧龙岗建庵遥祭。宋金时期，已建有诸葛祠庙。元延祐二年（1315年），中书省平章政事与翰林院集议奏请，祠庙始命名为“武侯祠”。大拜殿暖阁中供奉诸葛亮，亮子诸葛瞻、孙诸葛尚配享左右。1996年，国务院公布为全国重点文物保护单位。
- 成都武侯祠，位于四川省成都市武侯区，在昭烈庙内。西晋初年，李雄割据四川在成都称王时，在当时成都城内西部（少城）创建了专祭诸葛亮的孔明庙。约南北朝时，孔明庙由少城迁至南郊惠陵、汉昭烈庙旁。明末遭兵燹，祠庙无存。清康熙十年（1671年），在废墟上新修了君臣合一的祠庙。祠庙呈前君后臣的格局。武侯祠为四合院形制，正堂内 供奉诸葛亮一家三代神像，带有明显的“家庙”特征。武侯祠虽在“汉昭烈庙”大门之内，但人们习惯把整体建筑称作“武侯祠”。1961年，国务院公布为全国重点文物保护单位。
- 白帝城武侯祠，在重庆市奉节县城东长江北岸。蜀汉章武二年(222年)，刘备伐吴兵败逃至白帝城。次年，召镇守成都的诸葛亮至此地托付后事。诸葛亮去世后，当地人在白帝山上建起了“武侯祠”。今存明良殿、武侯祠、观星亭等，均为清代重修。其中，明良殿祀刘备、诸葛亮、关羽、张飞。武侯祠在明良殿西侧，专祀诸葛亮与子诸葛瞻、孙诸葛尚。
- 保山武侯祠，位于云南省保山市城西太保山上。保山武侯祠始建于明嘉靖十四年（1535年）。武侯祠坐西朝东，主要由前厅、过厅和大殿三重殿宇组成，三殿皆以琉璃瓦盖顶。主体建筑两侧，辟有花园。所有建筑虽具汉民族古建筑造型特点，但彩绘、壁画方面多有当地民族文化的特点。1988年，保山市公布为市级文物保护单位。
- 嵩明武侯祠，在云南省嵩明县嵩阳镇。刘备去世后，南中诸郡相继叛乱，建兴三年(225年)春，诸葛亮率大军征南中，七擒七纵南中少数民族首领孟获。传说，孟获心服后，诸葛亮曾与其在此筑台结盟。嵩明武侯祠始建于明代，初在城南。明万历四十年(1612年)迁建于古盟台旁。现存建筑为清光绪五年(1879年)重修。祠旁存有古盟台。现为县级文物保护单位。
- 祁山堡武侯祠，在甘肃省礼县祁山乡祁山堡。诸葛亮第一次和第四次伐魏时皆驻兵于此。据《礼县县志》和《秦州志》等方志记载，相传南北朝时期祁山堡上就出现了纪念祠庙。祠内现存诸葛亮殿、关羽殿、起佛殿、文武长廊等建筑，是清代以来整修的格局。现为县级文物保护单位。
- 五丈原诸葛亮庙，在陕西省岐山县五丈原。创建于唐代以前，经历代不断修建，渐成规模。祠庙坐南朝北，南北中轴线上建有山门、拜殿、八卦亭、正殿，山门与拜殿之间左右两侧建有钟楼、鼓楼。后院有诸葛亮衣冠冢，庙中另有黄月英殿。明嘉靖三十九年（1560年），岐山县知县申奏朝廷在五丈原诸葛亮庙设春秋庙会，庙会沿袭至今。现为陕西省重点文物保护单位。
- 定军山诸葛亮墓，位于陕西省勉县城南5公里定军山下。诸葛亮临终遗命“葬汉中定军山，因山为坟，冢足容棺，殓以时服，不须器物。” 墓冢为汉制“复斗式”，头西脚东，取“永怀西蜀”之意。诸葛亮生前封“武乡侯”，卒后谥号“忠武”，故世人尊称其墓为“武侯墓”。墓冢陵园占地约360亩，一条中轴线上建有山门、拜殿、大殿、墓冢、坟亭、崇圣祠等。1996年，国务院公布为全国重点文物保护单位。
- 勉县武侯祠，景耀六年(263年)春，刘禅“诏为亮立庙于沔阳”，庙“近其墓”。三国以降，历代都有修葺。明正德八年（1513年），都御史蓝璋奏请朝廷“立侯庙于沔城（勉县老城）东，春秋祭祀。”新建武侯祠位于通往巴蜀的金牛道旁当年诸葛亮“行辕相府”旧址上。现存武侯祠是清嘉庆二十年（1815年）重修的。祠庙坐南朝北，取不忘生前“北定中原，恢复汉室”之意。主要建筑有山门、乐楼、东西辕门、牌楼、琴楼、钟楼、鼓楼、戟门、东西厢房、献殿、正殿、崇圣祠、观江亭以及东、西桂院等。现为全国重点文物保护单位。
- 诸葛村丞相祠堂，位于浙江省兰溪市诸葛镇诸葛村，建于明万历年间（1573～1620）。兰溪诸葛氏尊诸葛亮为始祖，并以农历四月十四日为始祖诞辰祭日，农历八月二十八日为逝世祭日。每年春秋两季，诸葛族人在丞相祠堂举行隆重的祭祀仪式。诸葛村现为全国重点文物保护单位。
- 诸葛亮故里纪念馆，在沂南县砖埠镇诸葛村。1992年建成。纪念馆大殿为面阔三间的庑殿式仿古建筑，正中安放着诸葛亮塑像，东西暗间墙壁上饰以浅浮雕图画，展示着诸葛亮一生的主要事迹。
- 沂南诸葛宗祠，位于沂南县城西侧卧龙山东麓，是一处以纪念诸葛亮为主兼及诸葛亮先人和族人的汉式四合院建筑。宗祠内设有毓秀堂、本原堂、全人堂、冠盖堂、萃华堂。五堂内有12尊塑像、11尊浮雕像、18尊绣像。毓秀堂内存有王羲之、王献之父子书写的“隆中对”刻石和王羲之临摹的诸葛亮“远涉帖”手札刻石。
- 台湾孔明庙，在台湾省南投县鱼池乡中明村。清光绪二十七年 (1901年)始建 ，初名“明德堂”，奉祀道教的玉清、上清、太清三天尊。1979年扩建后，更名为“启示玄机院”，迎诸葛亮入庙合祀。主体建筑大殿为一楼一底，底楼主祀诸葛亮，二楼祀关羽。
- 武侯宫，又名拜风台，在湖北省赤壁市南屏山上，始建于明洪武十六年(1383年)。现存建筑是1936年重新修建的。
- 荆州武侯祠，始建于清代，原址在湖北省荆州市江边堤坡处，后遭大水坍塌于江中。20世纪30年代修建中山公园时移建于园内。
- 黄陵庙武侯祠，位于湖北省宜昌市黄牛山麓。黄陵庙有石牌坊、大门、禹王殿三重建筑，左侧为武侯祠，始建年代不详。
- 五泉山武侯庙，在甘肃省兰州市皋兰山北麓。五泉山一带盛产水烟，据传说，当地做水烟的薤叶芸香草是诸葛亮出祁山时带入的。新中国建立前，兰州烟坊家家敬供诸葛亮像，五泉山武侯庙的碑匾，也多为烟坊敬献。
- 宜宾丞相祠，位于四川省宜宾市流杯池公园内。据传说,诸葛亮南征驻兵宜宾时,曾在江左演练兵马。祠堂始建于宋代，初祀北宋黄庭坚，明正德年间（1506～1521），改祀诸葛亮至今。
- 施秉县诸葛庙，位于贵州省施秉县瓮蓬洞。相传，夜郎国牂牁偏桥一带河段，名“瓮蓬洞”。江中有一巨石，船舶难以通行。诸葛亮南征时，凿通“瓮蓬洞”，大军得以顺利前进。后人在此修庙，以纪念诸葛亮凿洞通航之功。
- 南下武侯庙，位于广东省中山市南下村南阳里，又称南阳庙。始建于宋代，清雍正、嘉庆、道光、光绪年间多次重修，现保存完好。
- 曹边武侯庙，位于广东省中山市曹边村。创建于宋代，光绪五年（1879年）、民国八年（1919年）和1986年三次重修。现保存完好。
- 鸡山武侯庙，位于广东省珠海市香洲区唐家湾镇鸡山村。始建年代未详，清代嘉庆、光绪年间两次重修。庙内供奉诸葛亮及子诸葛瞻、孙诸葛尚。
- 双忠祠，位于四川省绵竹市区西门，主祀诸葛瞻父子。清乾隆三年（1738年）在诸葛瞻父子墓址立祠，现存启圣殿祀诸葛亮，拜殿祀诸葛瞻父子。
- 临沂五贤祠，在临沂市兰山区城内。明嘉靖初年立祠，合祀乡贤诸葛亮和王祥，名“忠孝祠”。明嘉靖三十年（1551年），增祀晋代王祥的同父异母弟弟王览、唐代颜真卿和堂兄颜杲卿，易名“景贤祠”。清乾隆十六年（1751年）四月，乾隆皇帝为沂州“五贤”御赐“题琅琊五贤祠”七绝诗和“千秋五贤”匾额，祠遂更名“五贤祠”。
- 桓台县五贤祠，在山东省桓台县马踏湖畔华沟村。始建于明天启年间（1621～1627），初祀鲁仲连、诸葛亮、苏轼，名“三贤祠”。清同治三年（1864年），为鲁仲连、诸葛亮、苏轼塑像，为颜斶、辕固立牌位，仍名“三贤祠”。1985年重修祠庙时，改名“五贤祠”。
- 龙凤祠，在四川省罗江县白马关镇，始建于建安十九年（214年），专祀庞统，后毁于战乱。清康熙三十年（1691年）修复时，增塑诸葛亮像，改名为二师殿，故又名龙凤祠。
武侯祠遗址
历史上有大量的武侯祠毁于战乱，未再修复。比较著名的武侯祠遗址有：- 石鼓山武侯祠遗址，在湖南省衡阳市北门外。初建于南宋乾道四年(1168年)，其后元、明、清各代皆有增修，抗日战争时期被毁。今辟为公园。
- 泸州武侯祠遗址，在四川省泸州市江阳区忠山上，始建于南宋庆元年间(1195～1200)，又名“三忠”祠，祀诸葛亮及其子瞻、孙尚。民国时为驻军拆毁。
- 清凉山武侯祠遗址，位于南京清凉山，传说诸葛亮出使东吴时曾在此驻马，后人建祠以为纪念。始建年代不详，清咸丰年间（1851～1861）曾重建。祠已不存，祠址立有“诸葛武侯驻马坡”碑。
- 公安县武侯祠遗址，位于湖北省公安县黄金口，原为吴国吕蒙祠，始建年代不详。吕蒙祠因火灾焚毁，重修后改为武侯祠。祠已不存。
- 甘棠武侯祠遗址，位于广西壮族自治区灵川县甘棠镇，祠建于明代。现已不存。