篇数及续补
《史记志疑》(清朝·梁玉绳)据司马迁说，《史记》有本纪十二篇，表十篇， 书八篇，世家三十篇，列传七十篇，共一百三十篇。班固在《汉书·司马迁传》中提到《史记》缺少十篇。卫宏给《汉书旧仪》这本书作注，说道：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短及武帝过，武帝怒而削去之”，三国魏张晏指出这十篇是《景帝本纪》、《武帝本纪》、《礼书》、《乐书》、《律书》、《汉兴以来将相年表》、《日者列传》、《三王世家》、《龟策列传》、《傅靳蒯列传》。今本《史记》也是一百三十篇，有少数篇章显然不是司马迁的手笔，汉元帝、汉成帝时的博士褚少孙补写过《史记》，今本《史记》中“褚先生曰”就是他的补作。其中《武帝纪》、《三王世家》、《龟策列传》和《日者列传》四篇由汉博士褚少孙补缺。
《汉书·艺文志》载冯商续补《太史公》七篇，韦昭注云冯商“受诏续《太史公书》十余篇”，刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家，而有十五家之多。
“《史记》所出，年止太初，其后刘向，向子欲，及诸好事者，若冯商，卫衡，扬雄，史岑，梁审，肆仁，晋冯，段肃，金丹，冯衍，韦融，萧奋，刘恂等相继撰续，迄于哀平间，尤名《史记》”。后人大多数不同意张晏的说法，但《史记》残缺是确凿无疑的。
《史记》以后的历代正史，除极个别例外，都是由朝廷主持、按照君主的意志修撰的，是名副其实的官史。而司马迁虽然是朝廷的史官，《史记》却并不体现最高统治者汉武帝的意志。
朝廷曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书·杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。
考据与集注
《史记探源》(清朝·崔适)《史记》在比较广泛地传播流行，大约是在东汉中期以后，“史记”成为司马迁著作的专称，也始于这个时候。在这以前，《史记》都称为《太史公书》、《太史公记》和简称“太史公”。据现知材料考证，最早称司马迁这部史著为《史记》的，是东汉桓帝时写的《东海庙碑》。唐朝时期，由于古文运动的兴起，文人们对《史记》给予了高度的重视，当时著名文学家韩愈、柳宗元等都对《史记》特别推崇。
宋元之后，欧阳修、郑樵、洪迈、王应麟各家，以及明朝的公安派、清朝的桐城派，都十分赞赏《史记》的文笔。于是《史记》的声望与日俱增，各家各派注释和评价《史记》的书也源源不断出现。其中最有影响的是俗称“三家注”的《史记集解》（刘宋·裴骃注）、《史记索隐》（唐·司马贞注）和《史记正义》（唐·张守节注）。
《史记集解》兼采当时裴骃所能见到的前人有关《史记》诸书的研究成果，并一一注明作者名字，一丝不苟。
《史记索隐》进一步指出了《史记集解》中考证不当的错处。并对《史记》原文提出辨正，发语警辟。
《史记正义》的作者长于舆地之学，对《史记》中地名的考证尤为精辟。
读《史记》原文，同时注意看一看这“三家注”，对原书会有更进一步的理解。1959年，中华书局重新标点校勘排印的《史记》，就是与这“三家注”合刻的本子。
研究专著综述
《史记校正》 王叔岷《史记》成书后，由于它“是非颇谬于圣人，论大道则先黄老而后六经，序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势利而羞贱贫，此其所蔽也。”（《汉书·司马迁传》），被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表。因此，在两汉时，《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”，不但得不到应有的公正评价，而且当时学者也不敢为之作注释。自宋朝以后，研究《史记》的著述增多了，较有代表性的如清朝梁玉绳的《史记志疑》、崔适的《史记探源》、张森楷的《史记新校注》、日本学者泷川资言的《史记会注考证》，以及清朝赵翼的《廿二史札记》和王鸣盛《十七史商榷》的有关部分，都是重要的参考书籍。
张文虎著《校刊史记集解索隐正义札记》一书对《史记》的史文及注文进行了精审的校订。他根据钱泰吉的校本和他自己所见到的各种旧刻古本和时本，择善而从，兼采诸家，金陵局本就是经过他的校考之后刊行的。
自汉代至清代，《史记》的研究专著达101部，单篇论文1435篇，囊括了名物典章、地理沿革、文字校勘、音韵训诂、版本源流以及疏解、读法、评注等领域。方法是抄摄材料，排比引证，基本是微观的甲说乙说的“文献”研究。