《史记》版本众多，目前现存最早的版本为南北朝时期的抄本残卷。最早的刻本为北宋时期的《史记集解》单刻本。南宋的黄善夫刊本为最早的三家注合刻本。
中华书局发行的《史记》，分简体和繁体版本，也有带“三家注”的版本，其再版的版本是当今最好的版本。
白话文则有韩兆琦译注的《新白话史记》(简化字本由中华书局出版，正体字本由台北三民书局出版)，张烈等人译注的《史记》(简化字本由贵州古籍出版社出版，正体字本由台北台湾古籍出版社出版)，其他工具书则有哈佛燕京社编《史记及注释综合引得》、黄福銮编《史记索引》、李晓光、李波编《史记索引》、钟华编《史记人名索引》、段书安编《史记三家注引书索引》、仓修良主编《史记辞典》等。
历代重要善本：
南宋黄善夫刻本（简称“黄善夫本”）
明朝嘉靖、万历年间南北监刻二十一史本（简称“监本”）
明朝毛氏汲古阁刻十七史本（简称“毛刻本”或“汲古阁本”）
清朝乾隆年间武英殿刻二十四史本（简称“武英殿本”或“殿本”）
清朝同治年间张文虎整理，金陵书局刊□史记集解索隐正义合刻本□百三□卷（简称“金陵局本”）
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