《纬书》记载古代尚书凡3240篇，至孔子删定为120篇，遂被儒家列为经典之一。《尚书》又分成古文《尚书》与今文《尚书》，西汉末造，开始有所谓今古文之争，古文学派日盛，官派的今文学派主流地位备受挑战。今古文之争一直延续到清朝末造。
今文尚书
尚书本是上古档案资料的汇编，孔颖达说：“尚者，上也，言此上代以来之书，故曰尚”，马融说： “上古有虞氏之书，故曰尚书。”，按《汉书·艺文志》的说法，孔子将其整理编纂，形成了有百篇的《尚书》。秦始皇焚书时，秦朝博士伏生（伏胜）将《尚书》藏于壁中，后兵祸大起，伏生流亡，重新安定下来时，发现所藏“亡数十篇”仅剩下了29篇（纬书说28篇）。后朝廷派遣晁错去听伏生（当时已九十多岁）讲授，以当时使用及流通的官方文字隶书来纪录，记录下来的本子就称为“今文尚书”。伏生将他对尚书的解释传授给欧阳生（欧阳和伯）与张生，张生将之传授至欧阳高、夏侯胜（大夏侯）、夏侯建（小夏侯），为今文尚书授受之三家。汉武帝设置五经博士，立欧阳氏为学官；汉宣帝石渠议奏之后，三家皆立为学官。另外，有河间女子献《太誓》（《泰誓》）一篇，被并入伏生所传之29篇中，或说其中包括书序一篇，故亦有数伏生所出壁中尚书为28篇之说。
东汉之十四博士包括了欧阳氏、大小夏侯三家，今日可以从熹平石经残石与复原去推测欧阳氏本的面貌。
古文尚书
有多种来源，共同的特征是出自两汉私家所藏壁中书。孔安国本：司马迁在《史记·卷121·儒林列传》中提到孔氏家中有“古文尚书”，孔安国（孔子十一世孙）“以今文读之，因以起其家（任官），逸书得十余篇”。
孔壁本、鲁恭王本、中古文本：《汉书·艺文志》提到“古文尚书出孔子壁中。武帝末，鲁共（恭）王坏孔子宅……而得古文尚书。”孔安国取得这本子，与官方已有的今文尚书29篇对照，多出16篇，异文七百多处。孔安国后代或学生将此本交给了官方，刘向称之为“中古文”，史记中的孔安国本应该就是指这一本。
张霸一百零二篇尚书本。东莱张霸将《尚书》的二十九篇重新整合，又以《左传》、《尚书序》作为首尾，共计一百零二篇，史称《一百零二篇尚书》。
《古文尚书》开始传习于民间，势力较小。汉平帝时，刘歆对比了古文和今文区别之后，倾向古文学，建议朝廷把各种古文经书都立于国学，引起了古文和今文的大论战。东汉时，完整的孔安国本已失，杜林漆书这一古文本出现，其篇数和今文尚书篇数相同皆二十九篇，没有孔安国藏的多出的十六篇。贾逵、马融、郑玄等经学大家为之作注和提倡，学习者逐渐增多，在学术界逐渐取得优势。
西晋永嘉之乱时，晋朝所藏图书遭到严重损失。欧阳高、大小夏侯三家的《今文尚书》全部丧失，这使得从伏生流传下来的《今文尚书》失传，这样郑玄所注的杜林漆书就成为了当时主要的版本。东晋元帝时梅赜献上一批经文，其中有58篇的自称传自于孔安国的古文尚书。唐代学者对此深信不疑，采用其作为官方版本，孔颖达也用其撰成《尚书正义》，并刻入开成石经中，这使得这部书代替了郑玄注本，最终使得来自孔壁本的古文尚书完全失传。
伪古文尚书
从宋朝开始朱熹、吴棫等人对于梅献古文的真实性开始怀疑，吴棫认为伏生《尚书》诘屈聱牙，而《孔传尚书》多出的二十五篇《晚书》却简单易懂，朱熹也说“孔壁所出《尚书》如《禹谟》……等篇皆平易，伏生所传皆难读，如何伏生偏记得难底，至于易底全不记得？此不可晓”。清代阎若璩以三十年光阴写成《古文尚书疏证》八卷，用“以虚证实，以实证虚”的考证方法，列举一百二十八条证据，认定梅献尚书中多出的二十五篇是后世伪作，其余三十三篇真伪杂糅，从此，通行本《尚书》中有二十五篇为伪书的说法，通称为“伪古文尚书”说，遂成定论。同时代的毛奇龄写了《古文尚书冤词》反驳阎若璩的说法，但阎说仍被大多数学者接受，故今日称这一本子为伪古文尚书，但究竟是不是伪书，如果是伪造，作伪者是谁，至今仍是千古之谜。
近来中国学者如张岩、刘义峰、离扬，重新检讨阎若璩的证据，认为《古文尚书》并非全部是伪书。
清华简尚书
2008年7月，清华大学获赠两千余战国竹简，是由校友赵伟国从境外拍卖所得捐赠给清华，经过专家鉴定，这批“清华简”属于战国中晚期，距今大约2300—2400年左右，应出土于楚国境内。内中发现有多篇《尚书》，都是焚书坑儒以前的写本。有些篇有传世本，如《金縢》、《康诰》、《顾命》等，但文句多有差异，甚至篇题也不相同，更多的则是前所未见的佚篇。例如《尚书》中的名篇《傅说之命》，即先秦文献引用的《说命》，和传世伪古文就并不相同。据了解，到目前为止，有三分之一的“清华简”已被初步浏览。目前相关单位公布其内容的有二：《保训》及周武王时期的乐诗。《保训》原无篇题，由专家根据篇文内容而定名，内容记载的是周文王临终对其子（即周武王）的遗言。乐诗为周武王于文王宗庙举行“饮至”典礼中，饮酒时所赋诗歌，疑为《乐经》原文。