作者站在被压迫者一边，通过对一百零八位英雄的描写，概括了当时不同阶层的人们在漫长的封建社会中从觉醒到反抗的斗争道路。像鲁智深的反恶霸，林冲的受凌辱，宋江的被迫害，武松报杀兄之仇，晁盖、吴用劫取不义之财，以及浔阳江上的张横、张顺，揭阳岭上的李俊、李立，梁山泊岸边的阮氏兄弟等，他们都是由于受迫害而不得不起来反抗，从而汇成一股狂波巨澜，奔向梁山泊。小说歌颂了农民起义领袖们劫富济贫、除暴安良的正义行为，肯定了他们敢于造反、敢于斗争的革命精神。宋江原是一位救急扶困的义士，当他被逼上梁山之后，“替天行道”，壮大了起义军的声威，取得了一系列胜利。但由于他性格的二重性和思想的局限性，在起义事业登上峰巅之时选择了妥协、接受招安，终于葬送了起义事业。小说通过宋江起义的失败，客观上总结了封建时代农民起义失败的经验教训。
《水浒传》中关于招安的描写，反映了比较复杂的社会历史内容。农民阶级“只反贪官，不反皇帝”，是历史形成的思想局限。作为统治阶级思想的“忠君”观念也对《水浒传》的作者产生影响。统治阶级对农民起义实行的招安政策，无疑也对招安的描写产生影响。因而招安的描写，既反映了特定历史条件下的社会矛盾，也反映了作者复杂的思想矛盾。
《水浒传》是一部庞大而复杂的小说。不论其表达的思想或版本问题都相当值得探讨。就思想而言，水浒传的情节大致可分为两大部分：前七十回以宋江、晁盖为首，逐渐吸纳四方豪杰上梁山。在这些好汉之中，有自愿上山者；有被贪官污吏逼上梁山者；也有受到感召而上山者。不论如何，这些人聚集梁山的目的是替天行道，反抗腐败的政治。直到一百零八条好汉齐聚忠义堂，排座次。这一阶段中，梁山英雄们大块吃肉，大碗喝酒，杀得贪官污吏心惊胆战，令人大呼痛快，有借此发洩对政治现实不满的意味。后五十回，则描写梁山好汉接受朝廷招安，为国家效力的过程。北征辽国、剿灭田虎、王庆，众头领尽皆无损，威震四方。南征方腊一役，却使梁山泊英雄七损八伤，其生存者，并未因此而获得合理的回报，反遭奸臣所害，梁山好汉几乎沒有一个善终。表现出忠心为国的无奈。这两个阶段的作为与结局虽然大相迳庭，但是，全书所标举的忠义思想却未曾改变。有人认为前七十回和后五十回似乎有些矛盾，比较起前七十回的痛快，后五十回写到受招安之后，这些好汉的作风显得拘谨多了，但也由“偏道”走向“正统”，这也是宋江与其他“三寇”不同之处，并应了天书之正道。与其说他们向当朝低头，不如说是为全大义而不得不然。因此，若以忠义思想而言，全篇一百二十回的思想应该是一致的。
在文学方面，虽然书中主要人物有一百多人，人物个性却十分生动活泼，每个人物皆有其不同特性，其人物之言语、举止皆与其身份、地位紧密配合。使读者从书中人物的一言一行，一举一动中感受他们的个性。虽然史冊记载宋江等辈为盜匪，最后却转变成人民心目中的英雄，这并不是违背史实，而是让人们看清那个时代不公平的现象。此外，水浒传也是中国最早最完整的侠义小说，虽然其表现手法与现今的武侠小说略有不同，彰显正义的精神却是一致的，这就是水浒传能历久弥新的原因。
思想内容
《水浒传》的思想意义在于深刻揭露了封建社会的黑暗腐朽和统治阶级的罪恶，是形象描绘农民革命斗争的历史画卷。（1）反映了农民革命的巨大历史主题，塑造了众多的英雄形象
① 前七十回，基本真实地再现了梁山起义军从兴起到发展壮大的过程。是古代作品中唯一一部大规模反映农民起义的巨著。它第一次冲破旧思想的藩篱，把浩浩荡荡的起义大军写入小说，让那些“贱民”和“犯上作乱者”成为正面人物和英雄。
② 展现了农民起义的广泛性和群众性。除了梁山泊这一根据地以外，还写了二龙山、青龙山等等各地的起义和大小山头。从个别的反抗，小规模的起义，直到大规模的联合起义。
③ 反映了农民起义从无到有，由小到大，由无组织到组织严密的发展过程。随着起义队伍的壮大，起义军从消极防御转为主动出击。如三打祝家庄，智取大名府，震惊朝野。起义军地域与活动范围也逐渐扩大，显示了革命的强大威力。
④ 塑造了性格鲜明的众多农民英雄形象，或长工，或渔夫，或猎户，“压迫愈深，反抗愈剧”，李逵等人的反抗性也最强，革命意志最坚决。小说写出了他们的不同经历，不同个性，不同态度。
（2）反映了尖锐的阶级对立和阶级压迫，揭示了农民起义的根本原因——“官逼民反”
全书首先出现的重要人物是高俅。金圣叹批道：“盖不写高俅，便写一百八人，则是乱自下生也。不写一百八人，先写高俅，则是乱自上作也。”他凭着踢一脚好球，受到皇帝的赏识，从一个市井无赖升到殿帅府太尉，从此倚势侍强，无恶不作。王进亡命延安府，林冲刺配沧州道，杨志流落汴京城，都是他的迫害。他又像一股无形的线，把从朝廷到地方的贪官污吏串连起来，搞得整个社会一团漆黑，于是一批忠义之士不得不“撞破天罗归水浒，掀开地网上梁山”。
在所有人中，林冲这一形象最具有典型意义。官逼民反，在林冲的遭遇中得到了最充分的体现。
（3）替天行道与招安
梁山义军一直把“替天行道”作为自己的政治纲领，把“忠义”奉为行事的基本道德准则。鲁提辖拳打镇关西，武松醉打蒋门神，智取生辰纲，三打祝家庄，都是在“替天行道”。在梁山英雄排座次后，也就是梁山事业最辉煌的时候，梁山义军开始力争招安。虽然困难重重，但最终受了招安，走上破辽国、征方腊的战场。作者在处理受招安问题时，一方面肯定招安是尽忠尽义的表现，一方面又在一定程度上批判了招安的道路。梁山英雄的悲剧向人们表明：封建社会的黑暗现实和“全忠仗义”之间存在着难以调和的矛盾。
（4）忠义观念与宋江
宋江是小说中第一主角，《水浒传》的主题思想有相当大一部分是通过他来体现的。宋江掌握梁山大权后得第一个措施就是把“聚义厅”改为“忠义堂”，鲜明地标榜“忠义”的主张。而“忠”与“义”的矛盾，就构成了他的双重性格。所谓“忠”，就是忠于宋朝皇帝。“忠君”思想是宋江立身处世的从未改变的信条。所谓“义’,主要是指一种被压迫者之间的相互帮助的关系。一方面，他可以为了朋友，知法犯法；另一方面，他认为这样做“于法度上却饶不得。”接受招安，只不过是他寻求的统一“忠”与“义”的途径。在其看来，只有这样，才能两全其美。尽管宋江表白自己“为人一世，只主张忠义二字”，但事实却说明了“忠”和“义”这一对伦理信条之间有着不可调和的矛盾。
主题
在《水浒传》的主题研究中，目前还存在着不少争议，主要的观点有三种：一是认为歌颂的是忠义(“忠义”说)，二是认为写的是农民起义(“农民起义”说)，三是认为表现的是市民的意识与追求(“为市井细民写心”说)。其他的观点都是从这三种基本观点中派生出来的。其实这些争论并非产生于现代，而是自该书出现后就一直存在。比如在明清两代便有该书究竟是写“强盗”还是表现“忠义”的激烈争论，而鲁迅就说过该书是为市井细民写心的话。应该说这些观点都不是凭空产生的，都揭示了作品所包含的一些思想意蕴。杨绍萱、王利器、冯雪峰等学者先后提出“农民起义”说或“农民运动”“农民革命”说,称《水浒传》是“农民起义的教科书”；是“无数次农民起义的经验、教训，以文学形象为手段所做出的一个总结”；是“雄伟的农民战争史诗”；“是一部反映封建社会农民的阶级斗争、农民起义和农民战争的小说”等。游国恩等主编的《中国文学史》、郭预衡主编的《中国文学史》等采纳了这种观点。
作为一部长篇小说，其故事又在民间经过几代人的不断积累和加工，全书的思想内涵就显得丰富复杂，并非“忠义”两字所能概括。长期以来，广大群众之所以喜爱这部小说，在很大程度上还是由于它歌颂了英雄，歌颂了智慧，歌颂了真诚。《水浒》中的不少英雄都是“力”和“勇”的象征。他们空手打虎，倒拔杨柳，杀贪官污吏，拒千军万马，一往无前，“敢于大弄”。他们智取生辰纲，三打祝家庄，神机妙算，出奇制胜，其斗争的计谋与策略，实可与《三国志演义》相媲美。特别是当这种勇力和智谋表现在为百姓抱不平、申正义时，更能引起广大群众的共鸣，鲁智深的“禅杖打开危险路，戒刀杀尽不平人”，武松说“从来只要打天下硬汉不明道德的人”，都由于建筑在保护弱者的基础上而更加激动人心。小说中的李逵、阮小七、鲁智深等一些人物，不拘礼法、不计名利、不做作、不掩饰，“任天而行，率性而动”，保存了一颗“绝假纯真”的“童心”，与那些被封建理学扭曲了人性的“假道学”“大头巾”的虚伪做作、心胸狭窄形成了鲜明的对照，以致晚明的批评家李卓吾、叶昼、金圣叹等纷纷称赞他们是“活佛”“上上人物”“一片天真烂漫”“使人对之，龌龊销尽”。这也说明了《水浒》所反映的这种精神带有一定的市民意识，与后来涌动的个性思潮息息相通。至于小说反对钱财的积聚与贪求，强调“疏财”以成“义士”；追求“大块吃肉，大碗喝酒，大盘分金银”，“图个一世快活”；向往兄弟间“交情浑似股肱，义气真同骨肉”，都或多或少地带有一些市民的思想和感情，使小说蒙上了一层特殊的江湖豪侠的气息。
《水浒传》的题材毕竟有它的特殊性，不管作者如何极力把它拉入“忠义”的思维格局，以及故事在流传过程中羼入了多少市井细民的意识，作品最终还是在客观上展示了我国封建社会中的一场惊心动魄的农民起义。尽管领导这支义军的主要领袖并不出身于农民，且在思想上打着“忠义”的烙印，但也不能否认其中有些领袖出身于“庄稼田户”和其他下层劳动人民，他们有一种“兀自要和大宋皇帝作个对头”的气概和“杀上东京，夺了鸟位”的思想，更重要的是梁山义军的基本队伍是一大批庄客佃户、农民渔夫。这正如第七回结尾处所指出的那样：“大闹中原，纵横海内。直教农夫背上添心号，渔父舟中插认旗。”他们在官逼下造反，组织武装队伍，提出政治口号，开展军事斗争，以与封建的国家机器相对抗。这就清楚地规定了梁山义军的基本性质是农民起义。小说作者站在造反英雄的立场上，沿着“乱自上作”“造反有理”的思路，揭示了封建社会的基本矛盾，艺术地再现了中国古代农民起义的发生、发展和失败的全过程，并从中总结了一些带有规律性的东西。这在整部中国文学史上是十分罕见、难能可贵的。正是在这个意义上，可以说《水浒》是一部悲壮的农民起义的史诗。
结构
《水浒传》以人物为中心来展开故事情节，人物一个个出场，故事一件件展开；上一个人物故事结束时，由事件和场景的转换牵出另一个人物，开始下一个故事；结构单纯而不单调，情节波澜起伏，引人入胜。比如：小说以高俅发迹为开端，有交代起义背景的作用；高俅逼走王进，是官逼民反的开始。由王进引出史进，由史进引出陈达、朱武、杨春，一个引出一个或几个，像滚雪球一样，直到一百单八将齐集梁山。每一个人物出场时，都是伴随着事件而来的，有时一个人伴随着几件事同时而来，如鲁智深、林冲、武松、杨志等；有时一个人的几件事是间隔着来的，如李逵、杨雄、燕青、石秀等。人与事经纬交织在一起，形成了《水浒传》结构安排的最大特色。《水浒传》中的很多故事情节，可以独立成为短篇或中篇；将某个人的几篇故事串连起来，又可以成为人物有声有色的“传记”。
这些各自独立、自成整体的故事，在结构上有一些共同的特点。大概而言，第一，故事的发展，前后勾联，一步紧一步，但又疏密相间，摇曳多姿。第二，善于运用变化错综的手法，避免平铺直叙。
小说取材
《水浒传》的成书，取材于北宋末年宋江起义的故事。据《东都事略侯蒙传》：“江以三十六人横行河朔，京东官军数万无敢抗者。”又据《宋史徽宗本纪》：“淮南盗宋江等犯淮阳军,遣将讨捕，又犯京东、河北，入楚、海州界，命知州张叔夜招降之。”《宋史·张叔夜传》： “宋江起河朔，转略十郡，官军莫敢婴其锋。声言将至,叔夜使间者觇所向,贼径趋海濒，劫钜舟十余,载掳获。于是募死士得千人,设伏近城，而出轻兵距海诱之战，先匿壮卒海旁，伺兵合，举火焚其舟,贼闻之皆无斗志,伏兵乘之,擒其副贼,江乃降。”此外,李□的《十朝纲要》,宋代陈均的《九朝编年备要》和徐梦莘的《三朝北盟会编》，也都有类似的记载。还有的记载说宋江投降后曾参加过征方腊之役。从这些记载里，可以知道这支起义军，人数不多（但也决不止36人），但战斗力很强，在群众中甚有影响，曾经给宋王朝造成一定的威胁。宋江等起义的年代大约在宣和元年(1119)至宣和三年(1121)，前后三年多。《水浒传》的故事最初起源于北宋宣和年间，从南宋开始就成为了民间口头文学的主要题材。目前流传下来的根据说书人编成的话本中就有“青面兽”，“花和尚”，“武行者”等。元朝初年，出现了话本《大宋宣和遗事》，描述了晁盖、吴加亮（吴用）等36人的故事，初步具有了《水浒传》的故事梗概。元朝，元杂剧中还出现了一些水浒故事剧本。
宋代说书伎艺兴盛，民间流传的宋江等36人故事，很快就被说书人采来作为创作话本的素材,南宋罗烨《醉翁谈录》记有小说篇目《青面兽》、《花和尚》和《武行者》，这当是说的杨志、鲁智深、武松的故事，此外，《石头孙立》一篇可能也是水浒故事。这是有关《水浒传》话本的最早记载。南宋末有龚开的《宋江三十六人赞并序》，序里说：“宋江事见于街谈巷语。”并说在龚开之前有画院待诏李嵩，曾画过宋江等人像。但龚开的赞并未说故事内容。现在看到的最早写水浒故事的作品，是《大宋宣和遗事》（见《宣和遗事》），它或出于元人，或为宋人旧本而元时又有增益。有的研究者认为它是说书艺人的底本。它所记水浒故事梗概，从杨志卖刀杀人起，经智取生辰纲、宋江杀阎婆惜、九天玄女授天书,直到受招安平方腊止,顺序和现在的《水浒传》基本一致。这时的水浒故事已由许多分散独立的单篇，发展为系统连贯的整体。
元代杂剧盛行，有大量的水浒戏出现，元杂剧和《大宋宣和遗事》所记水浒的人物姓名大致相同，但聚义地点不同,杂剧说的是[梁山泊]],《遗事》说的是太行山;杂剧中已有“一百八个头领”之语,《遗事》只提到了36将的绰号姓名；《遗事》中写李逵位列第14，燕青位列第28，杂剧中李逵是第13头领，燕青是第15头领。凡此种种，可见在《水浒传》成书以前，水浒故事在流传中内容细节上颇有异同。这或者同在不同地区流传也有关系。施耐庵正是把这些在不同地区流传的故事，汇集起来，经过选择、加工、再创作，才写成这部优秀的古典名著《水浒传》。