本书编成后,于雍正四至六年(1726年至1728年)由清内府用铜活字排印成64部(未计试印本样本1套),称“铜字版”,至今仅存十余部,在北京中国国家图书馆与台北国立故宫博物院皆有藏。
光绪十年(1884年)起设立“图书集成馆”,以三号扁体字铅印1500部,称“铅字本”或“扁字本”,四年后印齐。
光绪二十年(1894年)光绪帝令上海同文书局石印100部,称“同文版”或“光绪版”。此版本附有清代龙继栋所作《考证》24卷,订正原书引文错讹脱漏之处约2万条,书籍用于清政府赠送外国或颁赏大臣,共耗白银50万两。此版本因50套存书在上海仓库失火焚毁,流传稀少。
另清末时期一整套索价白银1万两。
民国23年(1934年)上海中华书局据康有为所藏雍正铜活字本影印之缩印线装装订808册(后8册为考证),称“中华版”,于1940年出齐,是迄今最通行之版本。
1986年起,中华书局与巴蜀书社合作,据中华书局缩印本重新影印并改装为121册,并新增《简明索引》一册。
2006年中国大陆齐鲁书社与中国国家图书馆合作,把馆藏雍正铜字版原大小影印,手工线装出版50套,售价49万圆人民币。
1999年起该全书在台湾以雍正铜字版(书藏国立故宫博物院)为蓝本制作电子化版本(由东吴大学中文系负责)出售。而相关书籍与研究论集亦随之出版,如2001年11月出版之《古今图书集成研究》、2006年11月出版之《古今图书集成图集》。
2009年广西大学古籍所建成《古今图书集成》网络版供所有人士免费使用。全书图像来自对1934年中华书局武英殿影印本的扫描文件,使用索引是广西大学古籍所自1984年编制的《古今图书集成索引》:经历了油印本(1984年,80万字,三大本)、印刷本(中华书局与巴蜀书社出版)、电子版1.0版(1998年,1200万字,金海湾电子音像出版社和广西师范大学出版社联合出版)、电子版2.0版(2007年,3800万,光盘版,待出版;2009年网络版)等四个阶段。
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