中央情报局隶属于国家安全委员会,主要任务是公开和秘密地收集外国政治、文化、科技等情报,协调国内各情报机构的活动,向总统和国家安全委员会提供报告和资料。
美国联邦调查局( FBI )隶属于司法部，主要任务是调查违反联邦犯罪法，支持法律，保护美国调查来自于外国的情报和恐怖活动，在领导阶层和法律执行方面对联邦、州、当地和国际机构提供帮助，同时在响应公众需要和忠实于美国宪法前提下履行职责。
最重要的一点，中央情报局没有在国内逮捕人的权利。
美国发动反恐战争之后，表面上看，主要靠美军对阿富汗的轰炸和打击，但实际上，要取得反恐战争的真正胜利，还是要依赖美国的特工系统，即联邦调查局（FBI）和中央情报局（CIA）。这两个机构，一个对内抓间谍，抓恐怖分子；一个对外搞情报，开展特别行动。其目的都是一个：保证美国的国家安全和利益。
联邦调查局和中央情报局没有直接的隶属关系。前者归司法部管辖，后者是一个独立的机构，直接向总统负责。中央情报局局长又是全国情报委员会的主席，他负责协调全国13个军队和政府部门的主要情报机构，包括联邦调查局。'9'11'事件以后，在美国加强全国情报机构协调的呼声高涨，中央情报局的地位有所上升，但它还不能直接指挥军队和政府其他部门的情报机构。作为美国两个主要情报机构，联邦调查局和中央情报局在工作中自然有一定竞争，但由于有较为明确的分工，两者矛盾还不是很大。
就拿这次的'9'11'事件来说，在事件发生之前，联邦调查局和中央情报局的工作都有失职之处。联邦调查局没能在国内发现和制止恐怖分子的准备活动；中央情报局也未能在国外获得本'拉登策划这一活动的预警情报。'9'11'事件后，美国首先要了解的是究竟谁是直接的嫌犯，整个恐怖事件是如何策划的，除了已经与飞机同归于尽的劫机者以外，是否还有同案犯。这个任务主要由司法部下属的联邦调查局承担。司法部长阿什克罗夫特11月27日公布，联邦执法机构已经先后在全国各地拘捕了1800多名与此案有关的人员，经过讯问排除嫌疑，目前还关押着600多人。联邦政府已对其中的104人正式提出起诉。不过这些人的罪名还不是直接参与'9'11'恐怖事件，而是违反美国移民法等较轻的罪名。
中央情报局在'9'11'事件后，其主要的任务是找到本'拉登的下落，获取他和'基地'组织策划'9'11'事件的证据，以及为美国在阿富汗的军事行动提供轰炸目标和搜捕行动的情报，甚至组织暗杀拉登本人。最近传来消息，有一名CIA特工在阿富汗殉职，这也从一个侧面反映了中央情报局已经深入战争的最前线。实际上，美国老百姓对这两个机构的工作情况并不太了解，因为两者的工作都是秘密开展的。它们没有固定的制服，有时联邦调查局特工抓人时还穿上标有'FBI'的背心宣传自己，而中央情报局则连这一'便利条件'都没有，只好默默地干。联邦调查局和中央情报局在历史上都有过多次成功和失败的例子，但由于它们的工作大多和老百姓没有直接关系，所以只有在事情有了结果、新闻媒体给曝光后，人们才知道，并开始品头论足。
'9'11'之后，联邦调查局和中央情报局都面临着自身的改造问题，对FBI来说，美国政府通过了反恐怖法，扩大了它的权力，但也有不少人担心这样会有损美国的人权；而CIA面对的不光是要重视技术侦查，而且要把荒废了的人力情报抓起来，因为只有这样，才能在阿富汗的穷乡僻壤中找到情报。
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