季羡林的学术研究，用他自己的话说是：'梵学、佛学、吐火罗文研究并举，中国文学、比较文学、文艺理论研究齐飞'。综合北京大学东方学系张光麟教授和令恪先生所述，季羡林的学术成就大略包括在以下10个方面：
1、印度古代语言研究：博士论文《〈大事〉渴陀中限定动词的变化》、《中世印度语言中语尾-am，向-o和-u的转化》、《使用不定过去式作为确定佛典的年代与来源的标准》等论文，在当时该研究领域内有开拓性贡献。
2、佛教史研究：他是国内外为数很少的真正能运用原始佛典进行研究的佛教学学者，把研究印度中世语言的变化规律和研究佛教历史结合起来，寻出主要佛教经典的产生、演变、流传过程，借以确定佛教重要派别的产生、流传过程。
3、吐火罗语研究：早期代表作《〈福力太子因缘经〉吐火罗语诸本诸平行译本》，为吐火罗语的语意研究开创了一个成功的方法，1948年起即对新疆博物馆藏吐火罗剧本《弥勒会见记》进行译释，1980年又就70年代新疆吐鲁番地区新发现的吐火罗语《弥勒会见记》发表研究论文多篇，打破了'吐火罗文发现在中国，而研究在国外'的欺人之谈。
4、中印文化交流史研究：《中国纸和造纸法输入印度的时间和地点问题》、《中国蚕丝输入印度问题的初步研究》等文，以及《西游记》有些成分来源于印度的论证，说明中印文化'互相学习，各有创新，交光互影，相互渗透'。
5、中外文化交流史研究：80年代主编《大唐西域记校注》、《大唐西域记今译》，并撰10万字的《校注前言》，是国内数十年来西域史研究的重要成果，而1996年完成的《糖史》更展示了古代中国、印度、波斯、阿拉伯、埃及、东南亚，以及欧、美、非三洲和这些地区文化交流的历史画卷，有重要的历史和现实意义。
6、翻译介绍印度文学作品及印度文学研究：《罗摩衍那》是即度两大古代史诗之一，2万余颂，译成汉语有9万余行，季羡林经过10年坚韧不拔的努力终于译毕，是我国翻译史上的空前盛事。
7、比较文学研究：80年代初，首先倡导恢复比较文学研究，号召建立比较文学的中国学派，为我国比较文学的复兴，作出了巨大贡献。
8、东方文化研究：从80年代后期开始，极力倡导东方文化研究，主编大型文化丛书《东方文化集成》，约500余，800余册，预计15年完成。
9、保存和抢救祖国古代典籍：90年代，担任《四库全书存目丛书》、《传世藏书》两部巨型丛书的总编纂。
10、散文创作：从17岁写散文起，几十年笔耕不辍，已有80余万字之多，钟敬文在庆贺季羡林88岁米寿时说：'文学的最高境界是朴素，季先生的作品就达到了这个境界。他朴素，是因为他真诚。'我爱先生文品好，如同野老话家常。'[4]
重要学术论文
第二次世界大战一结束，季羡林就辗转取道回到阔别10年的祖国怀抱。同年秋，经陈寅恪推荐，季羡林被聘为北京大学教授，创建东方语文系。季羡林回国后，着重研究佛教史和中印文化关系史，发表了一系列富有学术创见的论文。
季羡林读书《浮屠与佛》（1947），揭示梵语Buddha（佛陀）一词在早期汉译佛经中译作'浮屠'是源自一种古代俗语，译作'佛'则是源自吐火罗语，从而纠正了长期流行的错误看法，即认为佛是梵语Buddha（佛陀）一词的音译略称。这里顺便指出，季羡林在1989年又写了《再论浮屠与佛》，进一步论证汉文音译'浮屠'源自大夏语。
《论梵文'td的音译》（1948），揭示汉译佛经中用来母字译梵文的顶音't和'd是经过了'l一个阶段，而t'＞'d＞l这种语音转变现象不属于梵文，而属于俗语。因此，依据汉译佛经中梵文'td的音译情况，可以将汉译佛经分为汉至南北朝、南北朝至隋和隋以后三个时期。前期汉译佛经的原文大半不是梵文，而是俗语或混合梵文；中期的原文也有很多是俗语和混合梵文，但梵文化程度有所进步；后期的原文是纯粹的梵文。
季羡林的这两篇论文在中国佛教史研究领域中别开生面，用比较语言研究方法，令人信服地证明汉译佛经最初并不是直接译自梵文，而是转译自西域古代语言。季羡林也据此提醒国内运用音译梵字研究中国古音的音韵学家，在进行'华梵对勘'时，一定要注意原文是不是梵文这个大前提。
在中印文化关系史研究方面，以往国内外学者大多偏重研究佛教对中国文化的影响，甚至有论者据此认为中印文化关系是'单向贸易' （one－way－traffic）。季羡林认为这种看法不符合文化交流的历史实际。因此，季羡林在研究中，一方面重视佛教对中国文化的影响，另一方面着力探讨为前人所忽视的中国文化输入印度的问题。他先后写成《中国纸和造纸法输入印度的时间和地点问题》（1954）、《中国蚕丝输入印度问题的初步研究》（1955）和《中国纸和造纸法最初是否是由海路传到印度去的？》（1957）等论文，以翔实的史料，考证了中国纸张、造纸法和蚕丝传入印度的过程。[5]
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