作为一名杰出的理财家，张居正深知只顾节流尚不足以解决问题。而要彻底改善国家财政状况，还需要进一步开辟财源，增加收入。
但张居正反对通过'开利源'来理财，因为在他看来，'夫天地生财止有此数，设法巧取，不能增多'他早年曾较多接触下层人民，深深懂得安民养民后国富的道理，他指出：'窃闻致理之要，惟在于安民。'那么，如何才能增加国家财政收入呢?当时明王朝的庞大机器都由田赋支撑，而田赋收入因土地兼并和负担不均而很难增加。为此，张居正提出惩办贪污，清理欠赋和清查田亩等三项措施，其中尤以清查田亩声势浩大。
万历六年(1578年)，张居正以福建为试点，清丈田地，结果'闽人以为便'。于是在万历八年，张居正上疏并获准在全国陆续展开清丈土地，并在此基础上重绘鱼鳞图册。
全国大部分地区根据户部颁布的《清丈条例》对田地进行了认真的清丈，但也有一些地方官吏缩短弓步，溢额求功。如浙江海盐'水涯草堑，尽出虚弓，古冢荒塍，悉从实税。至于田连阡陌者，力足行贿，智足营奸，移东就西，假此托彼。甚则有未尝加弓之田，而图扇人役积尺积寸，皆营私窖。遂使数亩之家，出愈增而田愈窄焉。'然而由于大部分州县清丈彻底，革豪右隐占，额田大有增加。万历八年，全国田地为7013976顷，比隆庆五年(1571年)增加了2336026顷。随着额田的增加，加之打击贵族、缙绅地主隐田漏税，明朝田赋收入大为增加。尽管张居正清丈田亩、平均赋税的做法被海瑞等人认为是下策，并不能真正解决民间赋税不均的问题。但从理财的角度看，清丈田亩对于朝廷比较全面准确地掌握全国的额田，增加财政收入起了积极作用，更为重要的是它还为不久推行'一条鞭法'的赋税改革创造了条件。
张居正很清楚，仅靠清丈田亩还远远不能彻底改变赋役不均和胥吏盘剥问题，不进一步改革赋税制度就无法保证中央财政收入的稳定增长，将会有更多的贫民倾家荡产，不利于社会的安定。赋役改革是一个十分棘手的事情，一旦过多触犯权宦土豪的利益，弄不好就会引起强烈的反对，使自己的所有心血前功尽弃。
当时，不少地区已在试行适应本地区的赋役改革方案，如应天府(今江苏南京)的'里甲银'，浙江、广东的'均平银'，福建的'纲银'，还有江南的'十段锦'，以及有些地区的'一条鞭法'等。
一条鞭法最早于嘉靖十年(1531年)二月，由南赣都御史陶谐在江西实行，取得了成绩。当时御史姚仁中曾上疏说：'顷行一条鞭法。'通将一省丁粮，均派一省徭役。'则徭役公平，而无不均之叹矣。'此后姚宗沐在江西，潘季驯在广东，庞尚鹏在浙江，海瑞在应天，王圻在山东曹县也都实行过一条鞭法。海瑞在应天府的江宁、上元两县'行一条鞭法，从此役无偏累，人始知有种田之利，而城中富室始肯买田，乡间贫民始不肯轻弃其田矣'，做到了'田不荒芜，人不逃窜，钱粮不拖欠' 。
万历五年，山东东阿知县白栋推行一条鞭法，全县钱粮均按地丁起科。但由于这种做法 触犯了官绅的利益，他们便制造浮言，户科部给事中光懋说：'至嘉靖末年，创立条鞭，不分人户贫富，一例摊派；'然其法在江南犹有称其便者，而最不便于江北。如近日东阿知县白栋行之山东，人心惊惶，欲弃地产以避之。请敕有司，赋仍三等，差由户丁，并将白栋纪过劣处。'幸亏张居正及时派人前往东阿巡察，才知道光懋歪曲事实。于是张居正拟旨答复：'法贵宜民，何分南北?各抚按悉心计议，因地所宜，听从民便，不许一例强行。白栋照旧策励供职。'又致书支持白栋的左都御史李世达：'条鞭之法，近旨已尽事理，其中言不便十之一二耳。法当宜民，政以人举。民苟宜之，何分南北。'
张居正认为一条鞭法不仅不应反对，而且可以'不分南北'，在全国普遍推广。万历九年，他终于下令，在全国范围内实行一条鞭法。
'条鞭法是中国田赋制度史上继唐代两税法之后的又一次重大改革。它简化了赋役的项目和征收手续，使赋役合一，并出现了'摊丁入亩'的趋势。后来清代的地丁合一制度就是一条鞭法的运用和发展。
一条鞭法的施行，改变了当时极端混乱、严重不均的赋役制度。它减轻了农民的不合理赋役负担，限制了胥吏的舞弊，特别是取消了苛重的力差，使农民有较多时间从事农业生产。当然，我们也应该看到，一条鞭法所实行的赋役没有征收总额的规定，给胥吏横征暴敛留下了可乘之机，这是它的主要不足。
张居正的理财并不限于一味地为朝廷公室谋利，而且也十分重视人民的实际生活。他通过多种渠道设法减轻人民的赋役负担，有时还直接提出减免人民的税负。万历十年，随着清丈田亩工作的完成和一条鞭法的推行，明朝的财政状况有了进一步的好转。这时太仆寺存银多达四百万两，加上太仓存银，总数约达七八百万两。太仓的存粮也可支十年之用。这年二月，张居正上疏请求免除自隆庆元年(1567年)至万历七年(1579年)间各省积欠钱粮。另外，张居正还反对传统的'重农轻商'观念，认为应该农商并重，并提出'省征发，以厚农而资商；'轻关市，以厚商而利农'的主张。因此也反对随意增加商税，侵犯商人利益。这些做法顺应了历史的发展潮流，在一定程度上减轻了百姓的负担，缓和了一触即发的阶级矛盾，对历史的发展起了积极的推动作用。
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