不曾想，王学在担负着反抗朱子学说窒息统治的过程中却又不得不承担起明朝灭亡的责任。在明末清初的汉族知识分子大反思中，矛头竟然一致对准曾经受到热烈追捧并统治明朝中后期中国思想百年之久的王阳明学说，认为是其空谈而致误国。然而，这只是王学灾难的开始，从康熙到雍正再到乾隆，在所谓的百年盛世中，三位皇帝无一例外地猛烈压制王学，而将王学的反对对象朱子学说不断的抬升，甚至让朱熹的地位高过孔子，直至让大家反感。而名为顺从实为反抗的汉学考据派，一直反对死守经典诠释，这与王学的反对朱子学说如异曲同工一般，可他们却不断伸张着自己的主张，依然对王学不理不睬。
也不曾想，戊戌变法之后，已经死亡二百年的王学又迎来第二春，一时间，王学又成了时髦学说。不仅康有为等维新派人士对王学尊崇有加，就是反对康有为的章太炎在后期也对王学不断肯定，革命先行者孙中山在《建国方略》中说到的知难行易更容易让人联想起王学的知行合一，而在蒋介石的日记中经常会看到王学的身影。既然近现代的一些主要人物们如此笃信王学，则可以推想王学在社会上的风迷程度。
历史何以如此猛烈的调头？日本是个表面的外部影响因素，而王学的反叛精神是内存原因。
甲午战争的惨败标志着洋务运动的全面失败，中国此后不得不将目光转向与中国几乎同时起步向西方学习的日本，可是一番考察的结论竟然是，日本的维新从中国的王学中汲取了力量。1905年8月的同盟会成立前夜，中国留日学生举行的欢迎孙中山集会上，有位日本来宾发表演说，日本的强盛，不是学西法，而是精通汉学，尤其是王学，日本尊王倒幕的主导人士，都是阳明学说造诣深刻之人，西法却未必深知。这一演说留下了深刻的影响，当时的一些革命人士开始在王学中寻找革命的力量和理论。
但更为深刻的原因是王学固有的反叛精神，即强调主观意志，反对僵化的金科玉律，这种强烈的主观意识其实已经与个性解放成为一个金币的正反面关系，近现代的领袖人物们怎能不以其为思想武器？！正如朱维铮教授所说，王学深感朱熹'穷理居敬'理论的僵硬和烦琐，把禅宗'即心即佛'的命题，用孟子'万物皆备于我'的语言加以改造，形成'致良知'学说，认为人人皆有良知，人人皆可能成为大禹式的圣人，虽说充满了主观唯心主义的臭味，但其反抗做四书章句的奴婢，反对一味做圣人的学舌鹦鹉，因而成了走出中世纪人们最为渴望的声音。于是，从康有为、梁启超，到章太炎、孙中山，均从王学中找到了冲突窒息的思想禁锢的有力法宝，他们的主观意识甚至比王学还要强烈。
一种学说如果已经'死亡'，却突然间又'复活'，肯定会引起惊异，进而引起对其'复活'秘密不可抗拒的揭破尝试。王学正是这样一种学说，在今天国学复兴的年代，王学又将迎来怎样的境地？至少其反抗经典的精神和知行合一的理念会影响人们的思维和行动。
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