电影将背景设定在未来，曾经人类自以为能够征服自然，千年前产业文明达到巅峰繁荣至极之后，世界经历了一场称为“火之七日”的战争而毁于一旦。后来世界被一种由菌类构成的，被称为“腐海”的新生态体系渐渐取代。由于腐海中的菌类孢子常年释放毒气，使得人类能够赖以生存的空间不断缩小。“风之谷”是一个靠海的小王国，因为海风的庇护不被腐海森林的孢子侵入而得以保持原貌。小王国的公主娜乌西卡是一位善良、聪明且无比勇敢的少女，擅于驾驶喷气式滑翔翼，能够灵活地驾驭风，而且还是个能和人人害怕的王虫沟通，充满了不可思议亲和力的女孩。
娜乌西卡曾在自己的地下实验室收集腐海植物的孢子并进行繁殖，她从地下500米处汲取未受污染的纯净水和土壤来进行培育，结果发现这些未受污染的孢子并不会释放毒素。这也印证了她的猜想，腐海之所以会释放毒素，不是因为它们自身的原因，而是因为它们赖以生存的土壤和水遭受了污染。再后来娜乌西卡在一次战争中不慎坠入腐海的底部，在那里她发现了腐海的秘密，腐海把污染了的大地净化，过程中会产生剧毒的瘴气，然而被净化后的腐海地底有着干净的空气和水源。腐海不仅不会对生命构成威胁，而且还起着净化空气保护地球上生命安全的作用。腐海底部的纯净水源，不仅是维持生命的水，更是给生命重生希望的水。
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